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The Fiocruz Genomics NETWORK

The Fiocruz Genomics Network brings together experts from all units of the Oswaldo Cruz Foundation (Fiocruz) in Brazil and from partner institutes who are working daily to generate more robust data on the behavior of SARS-CoV-2 by decoding the viral genome. Thus, it is possible to follow the lineages and genetic mutations of the novel coronavirus and contribute to better prepare the country to face the pandemic in terms of more accurate diagnosis and effective vaccines.

The group, which includes the National Reference Laboratory for respiratory viruses at the Ministry of Health and the Reference Laboratory for the World Health Organization in Covid-19 in the Americas, participates in the global open access information initiative on genomes of influenza viruses and coronaviruses, GISAID, being one of the curator groups of the initiative in South America.

The Network provides training and technical support in sequencing and data generation to technicians and experts from institutions all over the country and South America in cooperation with the Pan American Health Organization (PAHO).

Fotografia ilustrando pesquisadora em processo de análise de dados utilizando computadores. À esquerda da imagem, temos uma mulher de pele bege clara, utilizando máscara facial do tipo PFF2, com roupas comuns — ou seja, sem equipamentos de proteção, uma vez que não está lidando diretamente com a bancada. Ela está vestida com uma camisa azul, e uma blusa preta por cima, com as mangas puxadas até a altura da base do antebraço. A mulher possui ainda cabelos castanho escuros com as pontas descoloridas, usa um esmalte em cor cinza-amarronzada e, no braço esquerdo, um relógio de pulso com pulseira em cor prata. A pesquisadora está sentada a uma mesa, e apenas seu busto está enquadrado na imagem. Sobre a mesa, temos um computador do tipo notebook e um monitor de computador grande, no qual são exibidos dois gráficos, um de barras e outro de área. No notebook está disposta a página do GISAID, o banco de dados internacional cooperativo para depósito e análise de sequências de genoma de Influenza e do SARS-CoV-2.
Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de pesquisa que faz análises com material biológico. Sobre uma bancada de dor branca, temos um aparelho denominado fluorômetro, que mede a fluorescência emitida em uma amostra depositada dentro de um tubo específico. O fluorômetro em questão consiste em um aparelho retangular com as bordas arredondadas, em cor branca e com uma tarja azul escura. Emoldurada por um retângulo preto, temos uma tela que exibe um menu em cor azul com algumas opções que não estão legíveis na foto. Ao lado direito da bancada, temos a porção do ventre de uma pessoa com avental descartável na cor azul, luvas descartáveis na mesma cor, da qual estão também na fotografia duas mãos. Na mão direita da pessoa, temos um tubo, que está sendo depositado no fluorômetro, em um poço designado para esta função. Próxima a este poço, temos uma tampa com dobradiça, que é parte do aparelho. Ao lado do fluorômetro, temos uma folha de papel e uma caneta, com uma ponta plástica vermelha em uma das extremidades, e a ponta esferográfica prateada na outra extremidade. Sobre a bancada, mais ao fundo, também estão alguns cabos de energia, uma microcentrífuga, algumas micropipetas e outros utensílios de laboratório.
Fotografia de um equipamento para distribuição automatizada de suspensões líquidas para as mais diversas finalidades em um laboratório de análises. Este equipamento é também conhecido como "robô pipetador", por realizar o processo de distribuição de líquidos em placas, e ainda dispõe de periféricos para incubação, etapas de lavagem utilizando beads magnéticas e também PCR. Em primeiro plano, uma tela de computador exibe o menu de um software para controle dos parâmetros de funcionamento do equipamento. A tela do computador exibe uma área retangular laranja, onde encontram-se vários botões e campos para preenchimento, cujos detalhes estão desfocados na imagem. Na porção inferior da tela, encontra-se uma porção em fundo branco com uma tabela, também ilegível. Ao fundo desta tela, temos uma série de equipamentos em metal e plástico, por trás de uma tela de acrílico com molduras metálicas. Mais ao fundo, temos um adesivo amarelo com o símbolo de risco biológico.
Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de pesquisa. Nesta, sobre uma bancada de cor branca na parte de baixo, encontram-se dois suportes para tubos pequenos de microcentrífuga. Estes suportes são em cor azul clara e possuem quatro fileiras de dez poços cada, em alguns dos quais estão depositados tubos de dois tipos: um deles com tampa transparente e o outro com tampa laranja. Atrás da mesa, temos duas pessoas, com a imagem capturando apenas a porção de seus ventres, com parte dos braços e mãos visíveis. Ambas as pessoas vestem aventais de laboratório na mesma cor azul dos suportes de tubos, e luvas descartáveis no mesmo tom de azul. Para evitar a exposição de pele, as luvas estão presas ao avental com o uso de fitas adesivas. A pessoa da esquerda segura uma caixa de papelão quase cheia com tubos de tampa laranja não-utilizados, e segura um destes tubos na mão, provavelmente para colocar no suporte ao lado dos outros. A pessoa da direita segura o suporte que encontra-se mais à frente, próximo à câmera.
Fotografia de um equipamento de PCR, com ênfase na tela do mesmo, onde estão dispostas diversas informações importantes para o controle do processo da reação, como a temperatura atual, temperatura da tampa, o tempo restante de reação, e um gráfico representando as temperaturas e tempos de cada etapa do processo. Uma linha horizontal representa a temperatura ao longo do tempo, subindo e descendo para representar as mudanças de temperatura características de reações de amplificação de material genético. Acompanhando a linha, estão os parâmetros de cada etapa: a temperatura da reação e o tempo no qual o aparelho deve manter esta temperatura. Uma barra amarela vertical destaca a etapa presente do processo. No caso desta foto, esta barra indica que o aparelho está no processo de elevar a temperatura de 55 graus Celsius para 72 graus Celsius, na transição da penúltima para a última etapa de cada ciclo do Estágio 3 programado no aparelho. Abaixo do gráfico, temos uma série de botões digitais, na mesma tela, retangulares, na cor laranja, com as funções de Pausar, Exibir Informações do Método; Mostrar os tempos do Método; Pular Etapa e Interromper a Reação. Mais abaixo na tela, uma tarja indica quando foi iniciado o processo, indicando Duas e Cinco da manhã do dia dezessete de fevereiro de 2022. À direita desta tarja, temos um último botão, este circular, na cor verde e com um ponto de interrogação, para maiores informações e tirada de dúvidas sobre a operação do aparelho.
Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de pesquisa. No foco principal da fotografia, temos duas pesquisadoras vestindo jalecos de laboratório em cor azul clara, toucas descartáveis para proteção capilar, máscaras do tipo PFF2, luvas descartáveis em cor azul fixadas à altura do punho com fita adesiva. A mulher da esquerda é mais alta, tem a pele na cor bege-amarronzada e sobrancelhas e cabelos pretos, enquanto a mulher à direita tem a pele bege clara e cabelos loiros, e usa óculos. A mulher à esquerda tem nas mãos uma caixa de papelão com tubos de tampa laranja não-utilizados, e retira da caixa um destes tubos. A mulher à direita dá suporte com as mãos a um suporte para tubos de tamanho pequeno (como tubos de microcentrífuga). Mais próximo à câmera, um pouco à frente das mãos da mulher à direita, temos outro destes suportes. Em primeiro plano, sobre a bancada e próximo à câmera, temos diversos suportes para tubos, preparados com duas fileiras de tubos cada, sendo uma delas composta por tubos de tampa transparente e a outra por tubos de tampa laranja. Ao fundo da fotografia, temos uma janela com vidros azulados, e uma diversidade de equipamentos e utensílios de laboratório.
Fotografia ilustrando pesquisadora em processo de análise de dados utilizando computadores. À esquerda da imagem, temos uma mulher de pele bege clara, utilizando máscara facial do tipo PFF2, com roupas comuns — ou seja, sem equipamentos de proteção, uma vez que não está lidando diretamente com a bancada. Ela está vestida com uma camisa azul, e uma blusa preta por cima, com as mangas puxadas até a altura da base do antebraço. A mulher possui ainda cabelos castanho escuros com as pontas descoloridas, usa um esmalte em cor cinza-amarronzada e, no braço esquerdo, um relógio de pulso com pulseira em cor prata. A pesquisadora está sentada a uma mesa, e apenas seu busto está enquadrado na imagem. Sobre a mesa, temos um computador do tipo notebook e um monitor de computador grande, no qual são exibidos dois gráficos, um de barras e outro de área. No notebook está disposta a página do GISAID, o banco de dados internacional cooperativo para depósito e análise de sequências de genoma de Influenza e do SARS-CoV-2.
Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de microbiologia. Na fotografia, em frente a uma parede branca, temos a visão lateral e traseira de um rosto coberto por máscara do tipo PFF2, com uma touca para proteção capilar disposta sobre cabelos pretos. Não é possível identificar nenhuma característica da fisionomia da pessoa, uma vez que muito pouco de seu rosto está visível. Mais à direita, temos, erguidas, as duas mãos desta pessoa pesquisadora, figurando na imagem a porção final dos antebraços, cobertos pelas mangas azuis de um avental descartável de laboratório, sobre as quais estão colocadas luvas azuis descartáveis. A pessoa segura nas mãos um pequeno suporte transparente, no qual estão depositados alguns tubos de amostras. A imagem sugere que esta pessoa observa algo nos tubos.
Fotografia ilustrando pesquisadora em processo de análise de dados utilizando computadores. À esquerda da imagem, temos uma mulher de pele bege clara, utilizando máscara facial do tipo PFF2, com roupas comuns — ou seja, sem equipamentos de proteção, uma vez que não está lidando diretamente com a bancada. Ela está vestida com uma camisa azul, e uma blusa preta por cima, com as mangas puxadas até a altura da base do antebraço. A mulher possui ainda cabelos castanho escuros com as pontas descoloridas, usa um esmalte em cor cinza-amarronzada e, no braço esquerdo, um relógio de pulso com pulseira em cor prata. A pesquisadora está sentada a uma mesa, e apenas seu busto está enquadrado na imagem. Sobre a mesa, temos um computador do tipo notebook e um monitor de computador grande, no qual são exibidos dois gráficos, um de barras e outro de área. No notebook está disposta a página do GISAID, o banco de dados internacional cooperativo para depósito e análise de sequências de genoma de Influenza e do SARS-CoV-2. Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de pesquisa que faz análises com material biológico. Sobre uma bancada de dor branca, temos um aparelho denominado fluorômetro, que mede a fluorescência emitida em uma amostra depositada dentro de um tubo específico. O fluorômetro em questão consiste em um aparelho retangular com as bordas arredondadas, em cor branca e com uma tarja azul escura. Emoldurada por um retângulo preto, temos uma tela que exibe um menu em cor azul com algumas opções que não estão legíveis na foto. Ao lado direito da bancada, temos a porção do ventre de uma pessoa com avental descartável na cor azul, luvas descartáveis na mesma cor, da qual estão também na fotografia duas mãos. Na mão direita da pessoa, temos um tubo, que está sendo depositado no fluorômetro, em um poço designado para esta função. Próxima a este poço, temos uma tampa com dobradiça, que é parte do aparelho. Ao lado do fluorômetro, temos uma folha de papel e uma caneta, com uma ponta plástica vermelha em uma das extremidades, e a ponta esferográfica prateada na outra extremidade. Sobre a bancada, mais ao fundo, também estão alguns cabos de energia, uma microcentrífuga, algumas micropipetas e outros utensílios de laboratório. Fotografia de um equipamento para distribuição automatizada de suspensões líquidas para as mais diversas finalidades em um laboratório de análises. Este equipamento é também conhecido como Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de pesquisa. Nesta, sobre uma bancada de cor branca na parte de baixo, encontram-se dois suportes para tubos pequenos de microcentrífuga. Estes suportes são em cor azul clara e possuem quatro fileiras de dez poços cada, em alguns dos quais estão depositados tubos de dois tipos: um deles com tampa transparente e o outro com tampa laranja. Atrás da mesa, temos duas pessoas, com a imagem capturando apenas a porção de seus ventres, com parte dos braços e mãos visíveis. Ambas as pessoas vestem aventais de laboratório na mesma cor azul dos suportes de tubos, e luvas descartáveis no mesmo tom de azul. Para evitar a exposição de pele, as luvas estão presas ao avental com o uso de fitas adesivas. A pessoa da esquerda segura uma caixa de papelão quase cheia com tubos de tampa laranja não-utilizados, e segura um destes tubos na mão, provavelmente para colocar no suporte ao lado dos outros. A pessoa da direita segura o suporte que encontra-se mais à frente, próximo à câmera. Fotografia de um equipamento de PCR, com ênfase na tela do mesmo, onde estão dispostas diversas informações importantes para o controle do processo da reação, como a temperatura atual, temperatura da tampa, o tempo restante de reação, e um gráfico representando as temperaturas e tempos de cada etapa do processo. Uma linha horizontal representa a temperatura ao longo do tempo, subindo e descendo para representar as mudanças de temperatura características de reações de amplificação de material genético. Acompanhando a linha, estão os parâmetros de cada etapa: a temperatura da reação e o tempo no qual o aparelho deve manter esta temperatura. Uma barra amarela vertical destaca a etapa presente do processo. No caso desta foto, esta barra indica que o aparelho está no processo de elevar a temperatura de 55 graus Celsius para 72 graus Celsius, na transição da penúltima para a última etapa de cada ciclo do Estágio 3 programado no aparelho. Abaixo do gráfico, temos uma série de botões digitais, na mesma tela, retangulares, na cor laranja, com as funções de Pausar, Exibir Informações do Método; Mostrar os tempos do Método; Pular Etapa e Interromper a Reação. Mais abaixo na tela, uma tarja indica quando foi iniciado o processo, indicando Duas e Cinco da manhã do dia dezessete de fevereiro de 2022. À direita desta tarja, temos um último botão, este circular, na cor verde e com um ponto de interrogação, para maiores informações e tirada de dúvidas sobre a operação do aparelho. Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de pesquisa. No foco principal da fotografia, temos duas pesquisadoras vestindo jalecos de laboratório em cor azul clara, toucas descartáveis para proteção capilar, máscaras do tipo PFF2, luvas descartáveis em cor azul fixadas à altura do punho com fita adesiva. A mulher da esquerda é mais alta, tem a pele na cor bege-amarronzada e sobrancelhas e cabelos pretos, enquanto a mulher à direita tem a pele bege clara e cabelos loiros, e usa óculos. A mulher à esquerda tem nas mãos uma caixa de papelão com tubos de tampa laranja não-utilizados, e retira da caixa um destes tubos. A mulher à direita dá suporte com as mãos a um suporte para tubos de tamanho pequeno (como tubos de microcentrífuga). Mais próximo à câmera, um pouco à frente das mãos da mulher à direita, temos outro destes suportes. Em primeiro plano, sobre a bancada e próximo à câmera, temos diversos suportes para tubos, preparados com duas fileiras de tubos cada, sendo uma delas composta por tubos de tampa transparente e a outra por tubos de tampa laranja. Ao fundo da fotografia, temos uma janela com vidros azulados, e uma diversidade de equipamentos e utensílios de laboratório. Fotografia ilustrando pesquisadora em processo de análise de dados utilizando computadores. À esquerda da imagem, temos uma mulher de pele bege clara, utilizando máscara facial do tipo PFF2, com roupas comuns — ou seja, sem equipamentos de proteção, uma vez que não está lidando diretamente com a bancada. Ela está vestida com uma camisa azul, e uma blusa preta por cima, com as mangas puxadas até a altura da base do antebraço. A mulher possui ainda cabelos castanho escuros com as pontas descoloridas, usa um esmalte em cor cinza-amarronzada e, no braço esquerdo, um relógio de pulso com pulseira em cor prata. A pesquisadora está sentada a uma mesa, e apenas seu busto está enquadrado na imagem. Sobre a mesa, temos um computador do tipo notebook e um monitor de computador grande, no qual são exibidos dois gráficos, um de barras e outro de área. No notebook está disposta a página do GISAID, o banco de dados internacional cooperativo para depósito e análise de sequências de genoma de Influenza e do SARS-CoV-2. Fotografia retratando um dos procedimentos na rotina de um laboratório de microbiologia. Na fotografia, em frente a uma parede branca, temos a visão lateral e traseira de um rosto coberto por máscara do tipo PFF2, com uma touca para proteção capilar disposta sobre cabelos pretos. Não é possível identificar nenhuma característica da fisionomia da pessoa, uma vez que muito pouco de seu rosto está visível. Mais à direita, temos, erguidas, as duas mãos desta pessoa pesquisadora, figurando na imagem a porção final dos antebraços, cobertos pelas mangas azuis de um avental descartável de laboratório, sobre as quais estão colocadas luvas azuis descartáveis. A pessoa segura nas mãos um pequeno suporte transparente, no qual estão depositados alguns tubos de amostras. A imagem sugere que esta pessoa observa algo nos tubos.

Sequencing Hubs

The group is also supported by the following institutions:

 Institute Adolfo Lutz
Institute Evandro Chagas
Central Public Health Laboratory of Espirito Santo
Central Public Health Laboratory of Pará
Central Public Health Laboratory of Paraíba
Central Public Health Laboratory of Santa Catarina
Central Public Health Laboratory of Sergipe
Central Public Health Laboratory of Rio Grande do Sul
Laboratório Central de Saúde Pública da Secretary of State for Health Acre
HLAGYN da Municipal Health Secretariat of Aparecida de Goiania (GO)
Laboratory of Applied Molecular Surveillance of the Technical School of Health Federal University of Paraíba
Center for Research in Therapeutic Innovation of the Federal University of Pernambuco
Laboratory of Clinical Virology – Respiratory Viruses, Department of Medicine, of the Federal University of São Paulo Laboratory of Clinical Virology – Respiratory Viruses, Department of Medicine, of the Federal University of São Paulo
Laboratory of Advanced Molecular Analysis of the Faculty of Health Sciences of Trairi / Federal University of Rio Grande do Norte
Laboratório de Doenças Infecciosas e do Câncer do Departamento de Microbiologia e Parasitologia / Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Laboratório de Biologia Molecular e Sequenciamento da Universidade Federal de Santa Maria
Laboratory of Molecular Biology and Sequencing of the Federal University of Santa Maria
State Center for Health Surveillance of Rio Grande do Sul

Fiocruz teams