Linhagens são definidas como entidades/organismos que compartilham um ancestral comum e apresentam mutações similares.

 Assim, novas linhagens de diversos organismos surgem a partir de mutações, que em sua grande maioria são prejudiciais a essas entidades. No caso dos vírus, a maioria das mutações não causa mudanças na capacidade de dispersão, infecção ou na gravidade da doença. Entretanto, uma minoria dessas mudanças pode levar o vírus a se tornar mais transmissível ou mais mortal.
Vírus como o SARS-CoV-2 mudam mais rapidamente que outros microorganismos como bactérias e fungos, sendo classificados em linhagens distintas por pequenas diferenças em seu material genético, que podem ou não ser associadas a novas características virais. Para melhor entender e estudar os vírus, os cientistas criaram um sistema de nomenclatura para as diferentes linhagens do SARS-CoV-2, o que permite comparar os resultados obtidos em qualquer região do planeta e detectar quais linhagens são mais prevalentes e estão circulando em uma área ou em um dado momento. Até o momento um conjunto de mutações foram identificadas em algumas linhagens do coronavírus (SARS-CoV-2) que permitem estes sejam mais transmissíveis entre as pessoas, mas nada foi encontrado até o momento sobre mutações que levariam a um quadro mais complicado da doença ou mesmo maior mortalidade. Devido às linhagens surgirem continuamente à medida em que o coronavírus infecta uma quantidade maior de pessoas, fica clara a necessidade de monitorar a evolução do genoma viral e a prevalência das diferentes linhagens ao longo do tempo.

Mapa ilustrativo da circulação e dominância local de linhagens de um patógeno. O mapa representa a América do sul na cor branca, sobre os oceanos Atlântico e Pacífico representados em cinza. Sobre o continente, temos vários círculos de cores distintas, cada cor representando uma linhagem diferente de um patógeno não especificado na imagem, já que este é um esquema genérico que não corresponde ao cenário atual da pandemia de SARS-CoV-2. Além dos círculos, temos linhas que representam o espalhamento destes patógenos para outras regiões geográficas, onde encontram-se novos círculos na cor correspondente. O diâmetro de cada círculo corresponde à prevalência daquele patógeno naquela localidade.

A Organização Mundial da Saúde (OMS) definiu um sistema de classificação destas variantes segundo o risco oferecido por cada classe à saúde pública, dividindo em quatro categorias algumas das variantes de maior espalhamento ou contendo mutações associadas a um maior risco de transmissão ou escape do sistema imunológico (anticorpos de pessoas anteriormente infectadas ou vacinadas). Estas categorias são: Variantes de Preocupação (VOC), Variantes de Interesse (VOI), Variantes Sob Monitoramento (VUM) e Linhagens de Variantes de Preocupação Sob Monitoramento (VOC-LUM).

Segundo a página da OMS dedicada à questão das Variantes, os critérios para classificação de VOCs são: preencher os critérios para classificação como VOI, além de ser demonstradamente associada a: um aumento de risco de relevância global em sua transmissibilidade, virulência e manifestações clínicas; ou uma diminuição na efetividade de medidas de saúde pública.

Tabela representando as Variantes do coronavírus SARS-CoV-2 classificadas pela Organização Mundial da Saúde como Variantes de Preocupação ou VOC. As linhagens denominadas Alfa, Beta, Gama e Delta estão todas marcadas com um asterisco, indicando que são atualmente consideradas de baixa circulação pela OMS. A linhagem Ômicron é a única VOC com circulação global expressiva. Além da nomenclatura da OMS, as linhagens são apresentadas junto a outras informações. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Alfa tem: Linhagem Pango B.1.1.7; Clado do GISAID: GRY; Clado do Nextstrain: 20I, entre parênteses (V1); Amostras mais antigas documentadas: Reino Unido, Setembro de 2020; Data de classificação: Como VOC: 18 de dezembro de 2020 e Não mais circulante: 09 de Março de 2022. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Beta tem: Linhagem Pango B.1.351; Clado do GISAID: GH/501YV2; Clado do Nextstrain: 20H, entre parênteses (V2); Amostras mais antigas documentadas: África do Sul, Maio de 2020; Data de classificação: Como VOC: 18 de dezembro de 2020 e Não mais circulante: 09 de Março de 2022. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Gama tem: Linhagem Pango P.1; Clado do GISAID: GR/501YV3; Clado do Nextstrain: 20J, entre parênteses (V3); Amostras mais antigas documentadas: Brasil, Novembro de 2020; Data de classificação: Como VOC: 11 de Janeiro de 2021 e Não mais circulante: 09 de Março de 2022. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Delta tem: Linhagem Pango B.1.617.2; Clado do GISAID: G/478K.V1; Clado do Nextstrain: 21A, 21I e 21J; Alterações adicionais de aminoácidos em monitoramento: +S:K417N e +S:K484K; Amostras mais antigas documentadas: Índia, Outubro de 2020; Data de classificação: Como Variante de Interesse ou VOI: 04 de Abril de 2021 e como VOC: 11 de Maio de 2021. Por fim, a Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Ômicron tem: Linhagem Pango B.1.1.529; Clado do GISAID: GR/484A; Clado do Nextstrain: 21K, 21L, 21M, 22A, 22B, 22C e 22D; Alterações adicionais de aminoácidos em monitoramento: +S:R346K, +S:L452R/Q e +S:F486V; Amostras mais antigas documentadas: Múltiplos países, Novembro de 2021; Data de classificação: Como Variante sob Monitoramento ou VUM: 24 de Novembro de 2021 e como VOC: 26 de Novembro de 2021.Relação de amostras classificadas como VOC pela Organização Mundial da Saúde

Já para a classificação de VOIs, os critérios são: a presença de alterações genéticas com efeitos conhecidos ou possíveis em características virais como a transmissibilidade, virulência, escape de mecanismos imunológicos, detectabilidade em testes diagnósticos ou escape terapêutico; e a associação com transmissão comunitária significativa ou com o desenvolvimento de múltiplos clusters de contágio em múltiplos países, com aumento na prevalência relativa e no número de casos ou outros impactos epidemiológicos que indiquem um possível risco emergente à saúde pública.

Tabela representando as Variantes do coronavírus SARS-CoV-2 classificadas pela Organização Mundial da Saúde como Variantes de Interesse ou VOI. Todas as linhagens VOI são atualmente consideradas de baixa circulação pela OMS. Além da nomenclatura da OMS, as variantes estão acompanhadas de outras informações. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Épsilon tem: Linhagem Pango B.1.427 e B.1.429; Clado do GISAID: GH/452R.V1; Clado do Nextstrain: 20C; Amostras mais antigas documentadas: Estados Unidos, Março de 2020; Data de classificação: 05 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Zeta tem: Linhagem Pango: P.2; Clado do GISAID: GR/484K.V2; Clado do Nextstrain: 20B/S.484K; Amostras mais antigas documentadas: Brasil, Abril de 2020; Data de classificação: 17 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Eta tem: Linhagem Pango: B.1.525; Clado do GISAID: G/484K.V3; Clado do Nextstrain: 21D; Amostras mais antigas documentadas: Múltiplos Países, Dezembro de 2020; Data de classificação: 17 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Teta tem: Linhagem Pango: P.3; Clado do GISAID: GR/1092K.V1; Clado do Nextstrain: 21E; Amostras mais antigas documentadas: Filipinas, Janeiro de 2021; Data de classificação: 24 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Iota tem: Linhagem Pango: B.1.526; Clado do GISAID: GH/253G.V1; Clado do Nextstrain: 21F; Amostras mais antigas documentadas: Estados Unidos, Novembro de 2020; Data de classificação: 24 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Capa tem: Linhagem Pango: B.1.617.1; Clado do GISAID: G/452R.V3; Clado do Nextstrain: 21B; Amostras mais antigas documentadas: Índia, Outubro de 2020; Data de classificação: 04 de Abril de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Lâmbda tem: Linhagem Pango: C.37; Clado do GISAID: GR/452Q.V1; Clado do Nextstrain: 21G; Amostras mais antigas documentadas: Peru, Dezembro de 2020; Data de classificação: 14 de Junho de 2021. Por fim, a Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Mu tem: Linhagem Pango: B.1.621; Clado do GISAID: GH; Clado do Nextstrain: 21H; Amostras mais antigas documentadas: Colômbia, Janeiro de 2021; Data de classificação: 30 de Agosto de 2021.

Relação de amostras classificadas como VOI pela Organização Mundial da Saúde

Por sua vez, a organização classifica linhagens como VUMs quando suspeita-se que algumas de suas alterações genéticas tenham efeitos em características virais com potencial de risco futuro para a saúde pública, mas sem evidências conclusivas sobre o risco aumentado associado a essas mutações. No momento, não há variantes sob monitoramento pela OMS (embora possa haver necessidade local de monitoramento em regiões geográficas específicas)

Por fim, a classificação de VOC-LUMs está relacionada à grande diversidade de sublinhagens de VOCs como a Ômicron. Estas linhagens são monitoradas como parte de suas VOCs parentais, até que haja evidência o bastante de que as características virais são substancialmente diferentes daquelas conhecidas e associadas à VOC à qual elas pertencem. Caso surja esta evidência, a OMS decidirá, após consulta ao TAG-VE (Terms of Reference for the Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution) se haverá a designação de uma classificação OMS distinta para a variante emergente.

Tabela representando as Variantes do coronavírus SARS-CoV-2 classificadas pela Organização Mundial da Saúde como Linhagens de Variantes de Preocupação Sob Monitoramento ou VOC-LUM. Sob a tabela, temos o informe de que Essas subvariantes (anteriormente denominadas VOC-LUM) são monitoradas como parte da Ômicron, até que haja evidência o bastante de que as características virais são substancialmente diferentes daquelas conhecidas e associadas à VOC à qual elas pertencem. Caso surja esta evidência, a OMS decidirá, após consulta ao TAG-VE (Terms of Reference for the Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution) se haverá a designação de uma classificação OMS distinta para a variante emergente. Por serem todas linhagens da Ômicron, as linhagens desta tabela são identificadas por sua classificação no sistema Pango. A linhagem Pango BA.5 (+R346X ou +K444X ou +V445X ou +N450D ou +N460X) tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 22B, 22E; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagens da BA.5 (BF.7, BF.14, BQ.1, BQ.1.1); Características genéticas da Spike: Constelação da BA.5 + S:R346X, S:K444X, S:V445X , S:N450D ou S:N460X; Amostras mais antigas documentadas: 02 de Julho de 2022. Além disto, a BA.5 está marcada com dois asteriscos, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: N:G30-, N:S33F, N:E136D, ORF1a:Q556K, ORF1a:L3829F, ORF1b:Y264H, ORF1b:M1156I, ORF9b:P10F, ORF9b:D16G, ORF9b:M26-, ORF9b:A29I, ORF9b:V30L”; A linhagem Pango BA.2.75 tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 22D; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagem da BA.2; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.2 mais, para a BA.2.75 S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, Reversão S:Q493 e para a BA.2.75.2: Constelação da BA.2.75 mais S:R346T, S:F486S, S:D1199N; Amostras mais antigas documentadas: 31 de Dezembro de 2021. Além disto, a BA.2.75 está marcada com três asteriscos, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: ORF1a:S1221L, ORF1a:P1640S, ORF1a:N4060S; ORF1b:G662S; E:T11A”; A linhagem Pango BA.4.6 tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 22A; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagem BA.4; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.4 mais S:R346T, S:N658S; Amostras mais antigas documentadas: 20 de Julho de 2020. A linhagem Pango XBB tem Relação com linhagens VOC circulantes: Recombinante entre as sublinhagens BA.2.10.1 e BA.2.75, ou seja, BJ1 e BM.1.1.1. Ponto de quebra em S1; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.2 mais S:V83A, S:Y144-, S:H146Q, S:Q183E, S:V213E, S:G252V, S:G339H, S:R346T, S:L368I, S:V445P, S:G446S, S:N460K, S:F486S, S:F490S; Amostras mais antigas documentadas: 13 de Agosto de 2022. Além disto, a XBB está marcada com um símbolo de cifrão, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: E:T11A, ORF1a:K47R, ORF1b:G662S, ORF1b:S959P, ORF8:G8*”; A linhagem Pango BA.2.3.20 tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 21L; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagem da BA.2; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.2 mais S:M153T, S:N164K, S:H245N, S:G257D, S:K444R, S:N450D, S:L452M, S:N460K, S:E484R; Amostras mais antigas documentadas: 15 de Agosto de 2022. Além disto, a BA.2.75 está marcada com um símbolo gráfico de parágrafo, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: ORF1a:T727I, ORF1a:I1714T, ORF1a:M2169V, ORF1a:T2174I, ORF1a:T2648I, ORF1a:A2909V, ORF1a:Q3922R, ORF1b:T1404M, ORF3a:L140F, ORF9b:D89E”Relação de amostras Classificadas como “Linhagens de Variantes de Preocupação Sob Monitoramento” (VOC-LUM) pela Organização Mundial da Saúde

(Página Atualizada em 21/11/2022 com base na atualização de 12/10/2022 da OMS)