Assim, novas linhagens de diversos organismos surgem a partir de mutações, que em sua grande maioria são prejudiciais a essas entidades. No caso dos vírus, a maioria das mutações não causa mudanças na capacidade de dispersão, infecção ou na gravidade da doença. Entretanto, uma minoria dessas mudanças pode levar o vírus a se tornar mais transmissível ou mais mortal.
Vírus como o SARS-CoV-2 mudam mais rapidamente que outros microorganismos como bactérias e fungos, sendo classificados em linhagens distintas por pequenas diferenças em seu material genético, que podem ou não ser associadas a novas características virais. Para melhor entender e estudar os vírus, os cientistas criaram um sistema de nomenclatura para as diferentes linhagens do SARS-CoV-2, o que permite comparar os resultados obtidos em qualquer região do planeta e detectar quais linhagens são mais prevalentes e estão circulando em uma área ou em um dado momento. Até o momento um conjunto de mutações foram identificadas em algumas linhagens do coronavírus (SARS-CoV-2) que permitem estes sejam mais transmissíveis entre as pessoas, mas nada foi encontrado até o momento sobre mutações que levariam a um quadro mais complicado da doença ou mesmo maior mortalidade. Devido às linhagens surgirem continuamente à medida em que o coronavírus infecta uma quantidade maior de pessoas, fica clara a necessidade de monitorar a evolução do genoma viral e a prevalência das diferentes linhagens ao longo do tempo.
Linhagens são definidas como entidades/organismos que compartilham um ancestral comum e apresentam mutações similares.

A Organização Mundial da Saúde (OMS) definiu um sistema de classificação destas variantes segundo o risco oferecido por cada classe à saúde pública, dividindo em quatro categorias algumas das variantes de maior espalhamento ou contendo mutações associadas a um maior risco de transmissão ou escape do sistema imunológico (anticorpos de pessoas anteriormente infectadas ou vacinadas). Estas categorias são: Variantes de Preocupação (VOC), Variantes de Interesse (VOI), Variantes Sob Monitoramento (VUM) e Linhagens de Variantes de Preocupação Sob Monitoramento (VOC-LUM).
Segundo a página da OMS dedicada à questão das Variantes, os critérios para classificação de VOCs são: preencher os critérios para classificação como VOI, além de ser demonstradamente associada a: um aumento de risco de relevância global em sua transmissibilidade, virulência e manifestações clínicas; ou uma diminuição na efetividade de medidas de saúde pública.
Relação de amostras classificadas como VOC pela Organização Mundial da Saúde
Já para a classificação de VOIs, os critérios são: a presença de alterações genéticas com efeitos conhecidos ou possíveis em características virais como a transmissibilidade, virulência, escape de mecanismos imunológicos, detectabilidade em testes diagnósticos ou escape terapêutico; e a associação com transmissão comunitária significativa ou com o desenvolvimento de múltiplos clusters de contágio em múltiplos países, com aumento na prevalência relativa e no número de casos ou outros impactos epidemiológicos que indiquem um possível risco emergente à saúde pública.
Relação de amostras classificadas como VOI pela Organização Mundial da Saúde
Por sua vez, a organização classifica linhagens como VUMs quando suspeita-se que algumas de suas alterações genéticas tenham efeitos em características virais com potencial de risco futuro para a saúde pública, mas sem evidências conclusivas sobre o risco aumentado associado a essas mutações. No momento, não há variantes sob monitoramento pela OMS (embora possa haver necessidade local de monitoramento em regiões geográficas específicas)
Por fim, a classificação de VOC-LUMs está relacionada à grande diversidade de sublinhagens de VOCs como a Ômicron. Estas linhagens são monitoradas como parte de suas VOCs parentais, até que haja evidência o bastante de que as características virais são substancialmente diferentes daquelas conhecidas e associadas à VOC à qual elas pertencem. Caso surja esta evidência, a OMS decidirá, após consulta ao TAG-VE (Terms of Reference for the Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution) se haverá a designação de uma classificação OMS distinta para a variante emergente.
Relação de amostras Classificadas como “Linhagens de Variantes de Preocupação Sob Monitoramento” (VOC-LUM) pela Organização Mundial da Saúde
(Página Atualizada em 21/11/2022 com base na atualização de 12/10/2022 da OMS)