Trabalho inicial de pesquisa conduzido por membros da Rede Genômica Fiocruz explora o genoma de 69 amostras do Amazonas, e descreve o surgimento da P.1 (Gama) no estado
Compreender as relações filogenéticas entre diferentes amostras de um vírus durante um evento epidêmico é importante não apenas para compreender a evolução do vírus em termos moleculares, mas também para compreender como diferentes mutações convergentes podem surgir independentemente. Nesta postagem no fórum de discussão de pesquisas em virologia Virological.org, a análise de 69 amostras do SARS-CoV-2 coletadas no estado do Amazonas demonstram a circulação de duas linhagens no estado, circulando amplamente até novembro de 2020, e não apresentando mutações de interesse nos genes da proteína S, bem como o surgimento local de uma variante da cepa B.1.1.28 — posteriormente denominada P.1 — detectada em viajantes do Japão que provavelmente a contraíram em uma visita a Manaus em dezembro de 2020. Esta variante contém uma série de alterações na proteína S, que a elegeram como uma variante de preocupação (VOC), e tornou-se dominante no estado em um curto intervalo de tempo. A análise dos genomas, e sua comparação com amostras provenientes de outras regiões do Brasil, permite inferir que o processo que resultou na variante Amazônica não é o mesmo que deu origem à linhagem detectada no Rio de Janeiro, apesar de algumas mutações em comum entre as duas, provavelmente fruto de convergência evolutiva.
Naveca, F. G., Nascimento, V., Souza, V. et al. Phylogenetic relationship of SARS-CoV-2 sequences from Amazonas with emerging Brazilian variants harboring mutations E484K and N501Y in the Spike protein
